Década de los 90´s

En 1991 disputaron por primera vez, la final de la Copa del Rey ante el Atlético de Madrid con quienes cayeron en la prórroga, por 1-0.

En la temporada 91/92 el equipo descendió de nuevo a la Segunda División. Vivió entonces su lustro más negro en esta década. De los cinco años, dos quedó fuera de los puestos de ascenso directo y promoción (1994 y 1995) y otros dos jugó promociones contra equipos de Primera División de entonces (Albacete en 1993 y Rayo Vallecano en 1996).

En junio de 1997, de nuevo contra el Rayo Vallecano, consiguió su séptimo ascenso a 1ª división, justo en el campo en que el año anterior se había fracasado. La alineación del ascenso fue la siguiente: Kike, Olaizola, Marcelino, Barbero, David, José Manuel, Soler, Carreras, Galca, Stankovic y Carlos. En la segunda parte entraron Obiku y Gálvez. Jugadores como Carlos, Stankovic, Kike y Olaizola fueron los más destacados de esa temporada junto con Constantine Galca, un rumano que marcó 14 goles esa temporada y que fue considerado el mejor extranjero de Segunda División ese año.